精密電主軸的冷卻由于電主軸將電機集成于主軸單元中，且轉速很高，運轉時會產生大量熱量，引起電主軸溫升，使電主軸的熱態特性和動態特性變差，從而影響電主軸的正常工作。因此，必須采取一定措施控制電主軸的溫度，使其恒定在一定值內。機床目前一般采取強制循環油冷卻的方式對電主軸的定子及主軸軸承進行冷卻，即將經過油冷卻裝置的冷卻油強制性地在主軸定子外和主軸軸承外循環，帶走主軸高速旋轉產生的熱量。

　　啟動電主軸的話，首先要確認主軸套筒所須的循環冷卻水是已開通狀態，而且冷卻水的溫度不要超過35℃。當然也不能過低，也不能直接用自來水作為電主軸運行過程中的冷卻水，以免造成電主軸內部熱空氣遇冷而形成凝水，影響絕緣和軸承生銹。

　　其次，冷卻水流量控制在在3-6L/min，且是干凈無雜屑的，以防堵塞通道。而電主軸冷卻水箱中水量約為60L-100L；進出水口不能相距太近，必須使水在箱內有一冷卻過程，使進出口水溫差能達到一定水平，防止造成熱水循環而達不到冷卻效果。

　　另外，為減少精密電主軸軸承的發熱，還必須對主軸軸承進行合理的潤滑。